Римляни називали це місто Бурдігала. Перші достовірні згадки про тутешні виноградники записав у I столітті н. е. Пліній Старший, а виноград почали садити тут невдовзі після римського завоювання Галлії.
1152 року Елеонора Аквітанська вийшла заміж за Генріха Плантагенета, який через два роки став королем Англії. Аквітанія на три століття пов’язала свою долю з Англією, а кораблі з Бордо регулярно ходили до Лондона аж до битви під Кастійоном 1453 року.
У XVII столітті голландські купці осушили болота Медока, а у XVIII столітті Бордо переживало золотий вік як атлантичний порт і отримало класицистичні набережні. 1855 року, до Всесвітньої виставки в Парижі та з ініціативи Наполеона III, торгові посередники поділили маєтки Медока й Сотерна на категорії за їхньою репутацією та цінами. Відтоді цей історичний перелік змінювали лише незначною мірою.
Наприкінці XIX століття виноградники знищила філоксера (шкідник, що атакує коріння), а порятунком стало щеплення винограду на американські підщепи. Сьогодні до списку ЮНЕСКО внесено юрисдикцію Сент-Емільйон (1999) та історичний центр Бордо, який називають Місячним портом (2007).